明武宗好色荒唐这么多年，竟然颗粒无收。临崩时，他自己没有儿子，只能遗诏让在安陆的堂弟兴王朱厚璁继承皇帝位子。这位小爷时年十五岁，乃明宪宗二儿子兴献王（谥号）朱祐杬的独子。由于兴献王是孝宗亲弟，明武宗死后，朱厚璁以堂弟身份“兄终弟及”，也合乎帝王承继的传统。
正德十六年（1521年）五月，朱厚璁由安陆入京。其生父兴献王早死，只有寡母蒋氏与其辞行。蒋氏乃一藩王妃，没见过什么大世面。她当时很谨慎，嘱咐儿子说：“吾儿此行，荷负重任，不要随便说话。”朱厚璁跪答：“一定遵奉您的教诲”。
朱厚璁不比当年继位为帝的堂兄明武宗，他在藩地时受过极其正统的儒家教育，少年老成，本性阴沉，又不喜动，属于那种生来就是搞政治的材料。行至良乡，接到礼部公文，见上面有让他入宫先为“皇太子”的安排，朱厚璁很不高兴，回复说：“遗诏让我当嗣皇帝，怎么又出来这种事？”显然，明廷大臣们是想他以“皇太子”身份继统为帝。
给死去的堂兄明武宗当“儿子”，朱厚璁当然不干。所以，到了北京城以后，这位心思缜密的少年坚持不入城。阁臣杨廷和依旧希望这位“嗣皇帝”按礼部规定办，朱厚璁坚执不可。由于明武宗遗诏中的“接班人”人选天下皆知，再怎样也不可能另外推一个“嗣皇帝”出来，杨廷和等人拗不过少年朱厚璁，只得授意群臣劝进。
朱厚璁这才答应入城。他由大明门入宫，拜谒大行皇帝（明武宗）梓宫后，又见宫内的皇太后（武宗生母），然后出御奉天殿登上皇帝宝座，改明年为嘉靖元年，这位就是明世宗了。
即位后，同几乎所有新帝登基后都样象征性做的一样，明廷以皇帝名义下诏，尽革明武宗时期弊政，在平反昔日蒙受不白之冤官员的同时，处决、惩治了前朝许多跋扈的文武官员。
身登九五龙宝座，嘉靖皇帝一面派人往安陆迎取其母的同时，一面下令朝廷礼部官员集议如何崇祀他自己的生父兴献王。在当时的继位诏书中，有“奉皇兄遗诏入奉宗祧”一语。这位少年皇帝，乃大孝之人，总觉得这句话显然是给堂兄当儿子继承人的意思。为此，他费尽心思要尊崇自己的本生父母。这种宫廷礼仪，现代人可能不太明白，可能不少人会以为：你小王八蛋皇帝都当了，怎么还惦记着如何让死去的亲爹再风光一场，没意义吗！不少当代“大儒”也不时讥讽为“大礼仪”拼死廷争进谏的官员，说那些人死脑瓜子，人家小皇帝爱干啥干啥，爱封死爹为皇帝关你们屁事，豁出身家性命争这些“细微末节”，傻呵。不！当时的这些事情，在古代皆属“四项基本原则”，是天道大经，为臣子不争这些原则问题，就是不忠。所以，大臣们才如此纷争嚣嚣，数年不绝。
大学士杨廷和官场老人，熟谙史籍，对礼部尚书毛澄说：“此事以汉代定陶王、宋代濮王二事为依据，敢有异议者皆为谀奸小人，依法当诛！”也就是说，根据前代外藩王入继大统的事例，新皇帝应以明武宗为皇兄，以明武宗之父明孝宗（嘉靖的伯父）为皇考。这样一来，就只能让新帝以其生父生母为皇叔父、皇叔母。为了弥补兴献王“无后”的“遗憾”，廷臣们建议让益王的儿子朱崇仁过继给死去的兴献王为“儿子”，代替现在给明孝宗当“儿子”的嘉靖新皇帝，这样一来，那个朱崇仁就只能称他自己的亲爹益王为“叔父”。
看到这种“编排”，少年嘉靖皇帝老大不高兴，“父母岂有能更换的，再议！”
杨廷和等大臣六十多人上疏力谏，希望新帝以大局出发，兼顾“天理”“人情”，不听。