自七月杪基隆疫作，將士十病六、七，不能成軍。八月十三日之戰，九營僅挑選一千二百人，內中尚有抱病勉強應敵者。當孤拔未來之先，初九、初十兩日，臣接香港、上海電報，知其全股犯臺，其時滬尾祇孫開華三營、劉朝祜一百餘人並張李成新募土勇一營甫經到防，砲臺尚未完工，又無營壘，地勢坦平，無險可扼。危迫情形，不待旁言。臣早已憂慮及之，曾函致孫開華、李彤恩，如果敵犯滬尾，臣即撤基隆之守來援，囑令堅守以待。一面派員赴下游趕雇船隻，將軍火笨重之物先運下船。十二日，孤拔率大幫兵船進口。臣料敵兵必由仙洞登岸。當同曹志忠等密商：如敵兵明日戰後即紮仙洞，則不致遽攻滬尾；如戰後收隊下船，我軍即須預備回援滬尾，以保後路。十三日酉刻，敵軍收隊，全行下船。當接孫開華、李彤恩、劉朝祜先後來信，俱稱法船五隻直犯口門，升旂開砲。臣同孫開華、李彤恩已有成約，無用李彤恩虛詞搖惑。左宗棠疏稱李彤恩三次飛書告急，即係孫開華、李彤恩、劉朝祜三人三次之書，非李彤恩一人之書也。臣當即傳令拔隊，惟四十磅大砲二尊不能運動，埋於山下，其餘軍裝、鍋帳以及傷病勇丁，毫無遺棄。若果因李彤恩三次飛書告急，倉猝拔隊退回，軍裝焉能毫無遺失？
基隆退後，敵兵上岸住營，兵勢已分，往攻滬尾，不足千人。若不撤基隆之守，敵必全隊攻犯滬尾，無兵往援，雖提臣孫開華驍勇敢戰，器械不敵，眾寡懸殊，何能保其不失？
二十日之捷，左宗棠前據劉璈稟報，奏稱孫開華所部並淮勇、土勇三路迎戰獲勝，此次又奏係孫開華數營戰勝，不獨於臺事未加訪察，即奏報中亦自相矛盾，不加斟酌。
所陳臺北距滬尾三十里，如果危急，地方官當慎重過於他人等語；查基隆至滬尾水程祇八十餘里，頃刻可至，臣五里安設一站，往來通信，尚恐聞警應援不及，若俟地方官稟報，必至滬尾失後，敵至臺北城下，方能回援。
臺北府知府陳星聚屢次稟請進攻基隆，並有土著之人願告奮勇往攻基隆者，皆有其事。自滬尾捷後，俱以李彤恩所募張李成土勇得力，提臣孫開華、曹志忠、蘇得勝、柳泰和各請添募千人。臺北府陳星聚等聯名稟請基隆通判梁純夫招募土勇二千，候補知縣周有基稟請招募一千，俱告奮勇，進攻基隆。其時記名道朱守謨請假尚未銷差，倡言多招土勇，迅攻基隆；至於餉項軍械之有無，不計也。忽有臺北府書識陳華聲稱，願招土勇一千五百人，自備鎗械，包取基隆，每月每勇需銀洋十二元，託親兵哨官奚松林來說。當經臣申飭，不許多事。朱守謨聞有包取基隆之說，即私許陳華招募。及臣以淮楚營制，每營祇月餉四兩二錢，陳華大言輕敵，不知能否得力，即給如此重餉，何以服老勇之心，堅執不許添增口糧。該勇俱知臺北府無兵，祇親兵數十名，即聚眾吶喊鼓譟。臣派弁往看，陳華所募，皆城外艋舺市井之徒，器械毫無。當傳陳華來見，諭以兵餉不能加增；如果能克基隆，立給賞號銀二萬；先發十日口糧，令其帶赴水轉腳，聽候曹志忠調遣。嗣曹志忠見其勇多滋擾，器械毫無，不能見敵，不肯節制。臣令蘇得勝親至曹志忠營與之密商：陳華土勇，先行挾以兵威，裁去五百名，復調三百名赴觀音山，歸柳泰和裁併，其餘隨即一併裁撤，費餉一萬餘兩。周有基募勇，尚未成軍，即鬧餉鼓譟，經臣將已募四百餘人派歸柳泰和節制。梁純夫見土勇不遵約束，屢次滋事，不敢招募。此即左宗棠疏中所稱各將領以及土著之人願告奮勇攻基隆者，係九月初旬事也。
又紳士陳霞林等屢言，內山禦番土勇常見仗，可以挑募。臣告知各軍前往內山選募，一面令工匠連夜修理各營所繳舊鎗，分撥應用。搜查餉項，僅敷月餘。各軍招募，有尚未成軍者，亦有成軍尚無器械者。值疫氣染至臺北滬尾一帶，軍民俱病。提臣孫開華、署臺灣鎮總兵章高元、總兵柳泰和等俱抱重病。曹志忠六營營官，無不病者。臣隨從文武員弁，日歿數人。自封口後，內地音信不通，兵單援絕，土匪四起。臣日夜憂急，無所措手。臺北府知府陳星聚，每見必催進攻基隆。臣因其年近七旬，不諳軍務，詳細告以不能進攻之故。奈該府隨言隨忘。紳士陳霞林並署淡水縣知縣劉勳，皆明白曉暢，見將士多病，土勇尚未募齊，器械缺乏，俱知不能前進。陳星聚除面催進攻外，復稟請進攻。臣手批百餘言，告以不能遽進之道。該府復慫惥曹志忠進攻，並以危言激之。曹志忠一時憤急，遂有九月十四日之挫，幸傷人不多，未損軍銳。敵於十五日即渡河耀兵七堵。陳星聚妄聽謠言，謂基隆法兵病死將盡，又謂業已退走上船，故日催進攻。自十五以後，該府始自言不諳軍務，不再妄言。此即左宗棠疏稱陳星聚屢次稟請進攻基隆之原由也。
左宗棠參臣坐守臺北，不圖進取，機宜坐失。臣曾將兵單器乏、不能進攻情形，疊奏在案。基隆近靠海岸，敵船入口，即不為我有。故於六月十六日之捷，並未奏報克復，曹志忠所守營壘，逼近海邊，如法人添兵添船，即須退守山後，亦經臣附片密陳。我之所恃者山險，敵之所恃者器利。彼來攻我，我得其長；我往攻彼，彼得其長。且敵營據山傍海，兵船聚泊其下，若不能逐其兵船出口，縱窮陸師之力，攻亦徒攻，克猶不克。如果易攻，現在兩軍俱在疲乏之際，王詩正統帶勁旅三千，不日當可奏功，以雪臣懦怯株守之恥。臣治軍三十餘年，於戰守機宜稍有閱歷，惟事事求實，不慣鋪張粉飾。若空言大話，縱可欺罔朝廷於一時，能不遺笑中外？臣實恥之！臣渡臺時，軍務廢弛已極，軍裝器械全不能用，砲臺營壘毫無布置。接戰於倉猝之間，所部多疲病之卒，歷盡艱難，支持半載。臨敵應變，大小十餘戰，幸無挫失。若聽局外大言，輕敵浪進，上月初十日孤拔添兵大舉，戰無策應之師，守無可據之險，必至一敗不能立腳。軍事瞬息千變，其中動止機宜，固非旁觀所能盡知，亦豈隔海所能臆度也。
至浙江候補知府李彤恩，本係滬尾通商委員。臣到臺北，提臣孫開華稱其辦事勤能，熟悉洋務，現因身弱多病，決意乞退。臣商之提臣，臺北現在用人之際，不可任其乞退，託其致書慰留。六月十二日臣同提臣並臺灣道劉璈至滬尾察看砲臺地基，李彤恩扶病出見，瘦弱不堪。臣令其趕緊調養，不必請假，當委兼辦滬尾營務。六月十五日基隆開仗以後，李彤恩稟請買船填石塞口。時值秋茶上市，英商阻撓。李彤恩同英領事往復辯論，始將口門堵塞。隔日法船即至，英兵船告以口門封塞，隨即駛回。七月二十日，臣至滬尾查看砲臺，孤拔親坐三號兵船，亦至滬尾查探水道，並託英兵船代覓引港之人。若非李彤恩先期塞口，法船混入一隻，臺北已不堪問。紳士陳霞林等每晤談時，輒稱其功。臣到臺北，有言招募土勇者，臣因其所用土鎗不能禦敵，不肯操練，未曾招募。李彤恩力保張李成打仗奮勇，請募五百名，發給後門鎗二百桿，令其操練助防。八月二十日之戰，張李成包抄得力，官紳共見共聞。十月初，臣因餉項支絀，札令李彤恩來城，同福建候補知縣鄭建中會同官紳辦理捐借餉事。該守到後，即同陳霞林等議向城鄉殷戶借銀票二十餘萬元，毫無勉強，現已辦成。如果李彤恩有誤大局之處，紳民當共切齒，曷有聽其分派捐借者？該守不領薪水，未邀保獎，究其所辦數事，有裨於大局皆非淺鮮。左宗棠甫到閩一日，不加訪察，遂以劉璈之稟並朱守謨挾嫌傾陷、顛倒是非之言，率行奏參。臣若緘默不言，使出力有功之人，忽遭不白之冤，當此孤島險危之地，軍務萬緊之時，臣何以用人辦事？應懇天恩將已革浙江候補知府李彤恩開復原官，並請暫免究辦，一俟軍事稍定，請旨飭令楊岳斌，或專派大員渡臺逐細訪查，如果左宗棠所參情事屬實，臣妄用匪人，辦理不善，貽誤事機，應請將臣一併從嚴治罪，以明國法而昭公允，誠如聖諭，關繫極重，非李彤恩革職遞解所能蔽辜。事愈久則是非愈明，臣無任惶恐待命之至。除記名道朱守謨規避鑽營業已具摺嚴參外，所有左宗棠奏參臺北情形，具實詳陳，伏乞聖鑒。
·條陳臺澎善後事宜摺（十一年六月十八日臺北府發）
竊法兵退讓澎湖，已同前陝甘督臣楊岳斌於本月十七日會奏在案。臣前因澎湖未退，雖遣撤臺南北土勇，各海口仍未撤防。除基隆設立撫卹局，先將被燬民房派員查明撫卹外，其餘善後各事，未敢預奏。現在澎湖兵退，急需舉辦數端，謹為我皇太后、皇上陳之：一、臺澎防務，急宜設籌也。查全臺各海口，大甲以南至鳳山，沙線遠闊，兵輪不能攏岸，遠則四、五十里，近則二、三十里，較易設防；大甲以北新竹一帶，海口紛歧，直至宜蘭，兵船皆能近泊，至遠不過三、五里。基隆、滬尾兩口，雖能停泊兵輪，尚多山險，如有水雷、大砲，設防尚可為功，至新竹一帶，沿海平沙，後隴、中港，三號兵船皆能出入，地勢平衍，全恃兵營，殊難著手。然以視澎湖，猶較勝焉。澎湖彈丸孤立，臣派提督吳宏洛察看情形，據稱其地不生草木，沙石迷漫，片土難求，四面驚濤，無能設險。惟港內天然船塢，最宜停泊兵輪。臣到臺一年，縱觀全局，澎湖一島，非獨全臺門戶，實亦南北洋關鍵要區，守臺必先守澎，保南北洋亦須以澎廈為筦鑰。澎廈駐泊兵輪，設防嚴密，敵船無能停泊，萬不敢懸軍深入，自蹈危機。此澎廈設防，實關全局，非僅為臺灣計也。姑就澎湖而論，若云設防，要當不惜重資，認真舉辦。縱兵船一時難集，陸兵不過三千，必須多購大砲，堅築砲臺，製辦水雷，聚薪屯粟。計買砲築臺諸費，約需五十萬，全非一、二年不能竣事。若漫圖敷衍，不如不防，既節數營兵餉之需，亦免臨事覆軍之累。進退遲速，伏候聖裁。此防務之不容緩者也。一、臺澎軍政，急宜講求也。查臺灣軍務，久號廢弛，湘淮各軍，已成弩末，欲挽積習、杜虛糜，非講求操練不可。即演習洋操，非認真數月，步法不能整齊，手法焉能嫻熟。將官點名責令小操一次，則頂替之弊可除。近來各營多用後門鎗砲，尤非勤練不為功。倘令鎗砲不明，則遠近高低，茫無准的，是有鎗與無鎗同矣。且鎗之精者，折機磨擦，奧竅深微，雨濕沾潮，鏽霉輒損。重價購之，隨意棄之，苟有人心，能無慨惜此器械之不容漠視者也。更有難者，臺灣煙瘴之地，勇丁多半病煙。兵滑將貪，寬則玩而不振；釐奸剔弊，嚴則去而之他。臣時欲改絃更張，嚴定營規，堅明約束，事煩目劇，未易猝圖。現同沈應奎、陳鴻志詳酌裁留數營。除鎮標練兵不計外，擬留三十五營。臺南合澎湖十五營，臺北合宜蘭十五營，中路新竹、嘉、彰擬派五營，稍資鎮攝。論勢則臺北為重要，論地則臺南為綿長。當此百端締造，區區營數，力已難支。然較往時一道歲糜百萬，僅守臺南，餉項無增，全局已為一振。此軍政之不容緩者也。一、全臺賦稅，急宜清理也。查臺灣田產，甲於東南，一年兩熟。淡水一縣，每年額徵錢糧銀僅七百八十餘兩，官莊榖纔九千餘石。宜蘭一縣，錢榖無徵。其餘各縣，糧稅亦寡。通計全臺鹽、茶、百貨稅釐，歲入銀壹百零數萬兩。將來整頓各項稅釐，剔除中飽，歲可百二十萬。覈以臺澎三十五營之餉，歲需百二十萬，乃適相資。惟輪船經費，一切雜支，並須添設製造局，歲需銀約百五十萬；所虧實多。若能將各縣賦稅一律清查，以臺灣之入，供臺灣之需，尚可有盈無絀。惟清賦一事，要在得人。臣不諳吏治，昧於理財，時與沈應奎商量，辦理之法，必先清查戶口，再謀次第舉行，恐須一、二年方可以收實效。此清賦之不容緩者也。