嘉靖三十一年（1552年）夏，倭寇进犯台州，破黄岩，在象山、定海一带大掠。这时的“倭寇”，主角其实皆是中国人，其中以王直最为“著名”。
王直，安徽人，出身海上走私世家，他手下有不少倭人“雇佣兵”，甚受日本浪人爱信。而且，王直几大帮倭寇的中级指挥官也多为浙江、福建一带的沿海走私者和海盗。反观他们手下的倭人，“勇而憨，不甚别死生。每战辄赤体，提三尺刀挥而前，无能捍者。”这些发型丑怪、奇形异状的壮矮汉子，确实对明朝军民有一种心理威慑。所有这些“倭寇”集团中，大的数千人，小的有数百人，王直最强，徐海居次，其余还有毛海峰、彭老生等十余个海上匪帮。他们往来近海，为害日烈。这些人不仅具有超强的战斗力，还善设伏兵，常常以少击众，弄得明朝地方政府焦头烂额。
明廷震怒下，只得派出都御史王忬提督军务。当时王忬正在山东巡视，闻命即赴浙江。由于浙江本地军人“脆柔不任战”，王忬便以参将俞大猷、汤克宽为心腹，征调少数民族的狼兵、土兵到沿海，增修堡垒，严阵以待。
由于知人善任，指挥得当，转年，即嘉靖三十二年春，明军就在普陀大破倭寇。王忬不仅使用俞大猷、汤克宽这样的智谋勇略心腹，他还上奏朝廷释放出因受朱纨案牵累下狱的卢镗。同时，他发银犒兵，激以忠义，所以将士用命，皆愿效死。
这样，官军合力，夜袭倭寇巢穴，首战就斩首一百多，生俘一百多，倭寇落入水中溺毙的也有两、三千人。本来此役可以一举擒获王直，不料，海上忽刮大风，官军水营大乱，王直趁机遁走。
此次普陀大捷，虽然获胜，却也打草惊蛇，使得倭寇由原先的大群集团活动改为分散袭扰。此后，温州、台州、宁波、绍兴等地均不时受到啸然忽至的倭寇杀掠，大为当地之患。
由于汤克宽率兵捕剿，倭寇便移舟北向，侵入松江、苏州等地。这些地区一直以富庶喜称，倭寇们饱掠八方，满载而归。其中以华人萧显为头目的一部四百多人的倭寇组织为害尤烈。他们攻破南江、川沙两地后，尽屠当地居民，并在松江城下扎营，气势十分嚣张。不久，此部倭寇包围嘉定、太仓，四处杀人放火，残虐无极。最终，还是明将卢镗能战，率部掩击，阵中斩杀萧显，其残余倭众遁入浙江，被俞大奠部明军完全歼灭。
同年八月，太平府知州陈璋率兵在独山破倭寇，斩首千余人，余众乘船而遁。年底，倭寇啸集两、三千人，齐攻太仓州。攻城不克，他们便分掠四境，当地居民惨遭荼毒。明朝官军围追堵裁，效果不明显，而沿海走私成习惯的奸民有不少人乘势化装成倭寇模样，四处抢劫杀人，“真倭不过十之二三”。转年，即嘉靖三十三年（1554年）初，倭寇从太仓州溃围而出，抢夺民船入海。他们不是逃往外洋，而是大掠通州、如皋、海门等州县，又把明朝在当地的盐场焚掠一空。其中，有数艘贼船上数百倭寇因海上大风被吹至青州、徐州一带，这些人上岸后，逢人就杀，见屋就烧。山东大震。
倭势看上去似乎很盛，实际上在王忬的打击下只剩下虚火。王忬严格监察沿海通倭的华人土豪，建筑堡垒，广发间谍，使得倭寇头子们很难摸清岸上明兵布置的虚实，往往乘船漫无目的漂于海上，粮食吃光后，他们只能遁返日本诸岛或窜至荒岛。
可惜的是，杭州等地官民不堪劳苦，对王忬常常让他们持兵登城守卫的轮流值班很恼火，抱怨他扰民，上奏朝廷，说他数举烽火吓唬人。明廷不深究，从表面上看到倭寇四处窜扰，认为王忬在沿海抗倭行事不力，就调他以右都御史的身份巡抚大同，改派徐州兵备副使李天宠为右金都御史，暂代他的位置。