谈嘉靖年间倭患，最早一定要提嘉靖二年（1523年）的“争贡事件”。
日本内部，将军幕府当时已经成为幌子，势力最大的是两个“战国”大名：大内氏、细川氏。双方皆垂诞于对明贸易所获的巨利，他们最终达成妥协：大内氏每次贡二船，细川氏每次贡一船。双方所携勘合也不同，大内氏持正德勘合，细川氏持弘治勘合。嘉靖二年初夏，大内氏一方的贡使宗设谦道率三艘大船抵达宁波。很快，细川氏贡使鸾冈瑞佐也乘一大船泊岸。细川氏船少势弱，其中却有个华人宋素卿充当副使。这位宋爷深知中国官场的“规矩”，刚到宁波，他马上携大笔珍宝买通了主持市舶司的太监赖恩。赖公公有银子就是爹，马上特殊照顾细川氏一行使节，不仅先给他们一大船贡物验货放行，在设宴接待还让宋素卿等人坐于上座。大内氏的贡使宗设谦道怒从心起，几杯绍兴老酒下肚，哇呀呀拔出倭刀，窜上去先把与自己争座的细川氏贡使鸾冈瑞佐捅个透心凉，然后他指挥从人开始杀人，沿路放火，追杀宋素卿等人。明朝地方政府没有任何准备，任凭宗设谦道一伙人拔刀追逐，如入无人之境。杀得性起，这伙野蛮倭使从宁波一直杀到绍兴。宋素卿多亏腿脚快，才有幸捡得一命。这种外国使臣商团在别人国家杀人放火之事，实属罕见。所以，明朝地方武备官员根本猝不及防。宗设谦道一行人杀烧过后，抢夺了几艘明朝军船逃往海上。其间，明朝却指挥刘锦率水军去追，也被倭人以劲弩射死。
事闻，明廷震怒，逮治贪污受贿的太监赖恩和惹事生非的细川氏副使宋素卿，但对杀人放火后逃走的宗设谦道无可奈何。
大内氏听宗设等人回来诉说详情，心中也惧，怕明廷翻脸断绝往来贸易。那样的话，好处就损失大了。于是，大内氏派出使臣先赴朝鲜，希望朝鲜充当中间人调停。明廷不理。
嘉靖九年，日本将军幕府又托向明朝入贡的琉球世子代转陈情，希望明廷恢复市舶入贡。明朝回复，让日本方面擒送先前惹祸的宗设谦道。幕府当然交不出，交涉多年，一直延至嘉靖二十六年，明朝一直没有恢复与日本正常的入贡往来。
为了便于约束日本，明朝要求日本交出他们拥有的二百多道弘治、正德勘合，表示要换发新勘合。由于权不一出，日本方面无能为力。嘉靖三十年，大内氏头子大内义隆被手下人刺杀，勘合俱失，延续了百年的日明市舶贸易正式终结。也恰恰在这一时期，东南沿海贼人们方兴未艾，金子老、李光头等中国人勾结佛朗机（葡萄牙），王直、许栋勾结倭人，他们四处劫掠，在海上和沿岸设立“根据地”，准备大干一场。
从嘉靖十八年起，倭寇们干得热火朝天，每次均以华人贼寇为向导，或冒夜窃发，或白日行凶，鬼影一样突然冒出于富邑大城，杀人越货，无恶不作。嘉靖二十一年，倭寇自瑞安（今属浙江）入台州（今浙江临海），攻杭州；二十四年，数十艘倭寇战舰泊于晋江（今福建泉州），四处抢掠；二十六年，倭寇各集部伍，在漳州、泉州一带海域专抢收过往商船、民船；二十六年，倭寇大抢宁波、台州，肆掠而去。
日久迁延，明朝的海防非常糟糕，昔日战舰十不存一，兵额严重不足。漳州、泉州那么大一片海防，从前旧额是二千五百人，到嘉靖二十六年仅剩一个兵不到，且多为老弱残兵。
在这种情况下，明廷起用右副都御史朱纨为浙江巡抚。朱纨，正德十六年进士出身，久历地方，很有远略。他到任后“革渡船、严保甲，搜捕奸民”。同时，由于他布置有方，明朝将领卢镗率福清兵奋勇杀敌，很快就讨平了盘踞于覆鼎已一带的倭寇，并在九山洋水战中打败王直。接着，明军在双屿筑置堡垒，擒斩真假倭寇不少，连大盗李光头也落网被杀。
但是，福建、浙江等地沿海豪民皆在朝中有代理人。他们看见朱纨严行海禁，搜杀内贼，极其骇怕，纷纷托人上告，诬称朱纨捕获的许多海盗是“良民”。朝中与沿海豪民有关系的御史立刻出面，劾奏朱纨“举措乘方，专杀启衅”，说他阻止了正常的对外贸易。