丙戌，隆武二年正月乙酉朔，上在建寧，不受朝賀，以三大罪自責，百官皆戴罪從征。交趾、日本國皆遣使入貢。馬士英扣關求入朝，上數其罪，諭守關官兵勿納；士英七疏自理，終不許。監國魯王遣柯夏卿、曹惟才來聘，上加夏卿兵部尚書、惟才光祿寺少卿，手敕謂：朕無子，王為皇太姪，同心戮力，共拜孝陵；朕有天下，終致於王。取浙東所用職官皆列朝籍，不分彼此。尋遣僉都御史陸清源解餉十萬，給防江將士；清源散給不平，兵譁而遁，或曰士英使之也。以蘇觀生兼吏兵二部尚書、行在文淵閣大學士，出為經略；賜尚方劍，便宜行事。上親祖於殿門，賜銀印曰：「瞻奉南北山陵，安集軍民文武」。召見泉州布衣蔡鼎，授為軍師。二月，詔寬逆案之禁。上曰：北京陷於東林、南都亡於魏黨，厥罪維均。今中興之初，嘉與維新，其附黨諸臣概予洗滌，以收後效。擢堵胤錫右副都御史，巡撫湖廣。丁亥，大雨雹，閩所無也。廣西有僧，自稱弘光，上召九卿科道將議迎請。廷臣曰：即真弘光，甫經失國，有尊奉而無迎請。已而，有司審知其偽也，下獄誅。亨嘉俘至福京，下諸王議，廢為庶人，以幽死；誅其臣顧奕、吳之琮、楊國威、張龍翼等。三月戊申朔，督師大學士黃道周殉節於南京。上聞，痛哭輟朝，贈文明伯。上將出汀州入贛，芝龍使軍民數萬人遮道號呼擁駕，不得行。芝龍因具表請回天輿，上不得已，駐蹕延平。辛未，吉安破。鄭彩棄廣信，奔入關。未幾，撫州亦破。初，汀、邵間有大帽山峒巒最強，屢征不服。永寧王誘之出降，以與大清兵戰，屢捷，遂復撫州。大清兵圍之，鄭彩屯廣信府，永寧王請救，其監軍給事中張家玉以三營往，圍暫解。已而復合，彩軍潰，撫遂破。永寧王死之，峒巒亦散。報至，行在大震。上削彩職，戴罪圖功。廷麟、元吉退守贛州，大清兵進攻之。四月五日萬壽節，不受朝賀。命禮臣追復建文年號，立忠臣方孝儒祠。五月，琉球入貢。廷試貢生，取萬荊等十二人，命為萃士，照庶吉士例，送翰林院教習。陞湖廣章曠為僉都御史，巡撫湖北。殺魯監國使陳謙。謙奉命入閩，久駐衢州，持兩端，自云魯已封靖夷侯，欲以邀封；上召入閩，御史錢邦芑劾之，隧下獄。將殺之，芝龍與謙有舊，亟入朝，請以官贖謙死。上故留芝龍久語，而促行刑；芝龍出，已死矣。芝龍厚殮之。由是益懷異志。加吏部尚書郭維經六省督師銜，募兵援贛。六月，福京鄉試，上命廣額七十名，流寓者皆入試；以編修劉以修、閔肅為主考，取葉瑣等一百七十五名。士子多以賄進，乃命覆試，落四名，逮同考推官王三俊下獄，追贓一萬兩。浙東師潰，魯王航海，鴻逵逃歸浦城；事聞，上奪其封爵。七月，元子生，大赦；加恩從龍諸臣，悉進爵。御史錢邦芑言：浙東新破，唇亡齒寒，舉朝同仇之日，非覃恩受賞時也；不報。己巳，上御門，內侍奉小匣至御前。上諭群臣曰：朕本無利天下心，以勳輔擁戴，不得已勉徇群情，浣衣糲食，有何人君之樂！朝夕乾惕，恐負重付；豈意諸臣已變初志。昨巡關之使，得爾等出關迎降書二百餘封；今俱在此，朕不欲知其姓名也，命錦衣衛焚之午門前。爾諸臣其有名者，尚洗心滌慮；否則，亦竭節奉公，不渝始終，是所望也。上一身豐頤，聲如洪鐘，聞者悚息。上銳志出贛，而芝龍百計沮之，欲留上以自重。既而陰通款於洪承疇，盡徹關隘水陸之兵。大清兵既破浙東，長驅而前，如入無人之境。何騰蛟遣郝永忠以鐵騎五千迎駕，將至韶州，而大清兵已入衢州。八月乙未，抵關，上即日如汀州；庚子，入城。
辛丑，有十餘騎叩城，曰「扈蹕者」；開門納之，則追騎也。從官迸散，遂執上與曾后去。后至九龍潭投水，上遇害於福京。粵中立國，上尊號曰「思文皇帝」。或曰建寧代死者為唐王聿釗、汀州代死者為張致遠，上實未死。其從亡之臣，賴垓、熊緯。其後朱成功屯兵鼓浪嶼，有遣使存問諸臣者，云為僧於五指山；然亦莫必其真偽也。永曆十一年，上謚曰「紹宗襄皇帝」，后曰「襄皇后」。
帝英才大略，在藩服之時，已思有所施為；及遭逢患難，磨礪愈堅。兩京既覆，枕戈泣血，躬行節儉，以裕兵食。性喜文詞，手撰三詔、御制祖訓後序、行在縉紳便覽序，皆典雅可誦。所至訪求書籍，親征亦載書數十乘。聽納諫說，拔錢邦芑、金堡於下僚，置之言路，欲其有所開陳。章奏朝至夕發，或送后代批。后亦讀書通明，識治體，上嘗與之決事。篤念舊恩，不遺纖微；於從龍諸臣，恩澤尤渥，不可不謂天生之令主也。夫鄭氏起盜賊，目無君王，據有全閩，富貴以盈，始願亦不及此也；而欲責以鞠躬盡瘁，經營天下，難矣。帝之托於鄭氏，所謂「祭則寡人」而已。其二、三心膂之臣所藉以恢復者，如黃道周、蘇觀生，皆儒雅可觀，將略未優。又束縛其足，不能一展所長；悲夫！悲夫！天之所廢，誰能興之？雖有忠義，如之何哉？
·紀略三永曆帝
永曆帝諱由榔，神宗之孫、桂恭王常瀛少子也。常瀛，李貴妃出；萬曆二十九年封，天啟七年始就國衡州。衡在江湖之表，地僻遠。崇禎九年，封由榔永明王。十六年，張獻忠陷衡州，桂王由永州入粵西；王被執，繫道州，征蠻將軍楊國威遣部將焦璉率兵至，負王渡河，得免。明年，桂王薨於蒼梧，遂葬焉，號興陵。長子安仁王由■〈木愛〉襲封，未幾亦薨。
丙戌春，思文帝遣司禮監太監龐天壽冊為桂王，居肇慶府。秋九月，福州不守；兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜、巡按御史王化澄與故大臣呂大器等，議所立。先是，思文帝常語群臣曰：永明神宗嫡孫，正統所系，朕無子，後當屬諸。乃共推永明王。太妃王氏曰：諸君何患於無君！吾兒仁柔，非撥亂才也，願更擇可者。魁楚請之堅，遂以十月壬辰監國肇慶，祭告天地宗廟。加魁楚東閣大學士，進式耜吏部左侍郎東閣大學士攝尚書事，永茂請終制，化澄等皆進爵。甲辰，湖廣督師大學士何騰蛟、巡撫兵部右侍郎堵胤錫等上表勸進，優詔答之。司禮監王坤至自汀州。知隆武帝已殂，群臣請即大位。是月四日，大清兵破贛州，丁魁楚聞敗，倉卒奉監國走梧州。故大學士蘇觀生遺書魁楚，欲預擁戴，魁楚拒之，觀生乃自南韶還師。十一月癸卯朔，立唐王弟聿■〈金粵〉於廣州，改元紹武；以與肇慶相拒。甲寅，王還肇慶。庚申，即皇帝位，以明年為永曆元年。追尊皇考曰「端皇帝」，尊繼母太妃王氏為皇太后、生母馬氏為皇太妃，冊妃王氏為皇后，上隆武帝尊號曰「思文皇帝」。大赦。封太后弟王國璽武靖伯，皇后父王略長洲伯， 太妃姪馬九功鎮遠伯。給事中彭耀宣諭廣州，觀生殺之；乃以兵部侍郎林桂鼎督總兵李明忠、龍倫、蘇聘等討之，戰於三水，唐王兵敗。十二月甲戌，復戰於海口，佳鼎敗歿，肇慶大震。復以王化澄為兵部尚書往督師。起李永茂為大學士，未幾亦罷去。十二月，大清遣巡撫佟養甲、總兵李成棟，由福建越潮、惠，俱下之；丁亥，潛師襲廣州，執聿■〈金粵〉，觀生自縊。聿■〈金粵〉與周、益、遼等二十四王，俱及於難。報至肇慶，瞿式耜請守峽口，司禮監王坤難之；乃以朱治■〈忄間〉為兩廣總督，守肇慶。上出幸梧州。是月，大清兵取川北，張獻忠誅。
丁亥，永曆元年春正月癸卯朔，上至梧州。李成棟分兵徇南韶，自率兵向肇慶，朱治■〈忄間〉走肇慶降。上由梧州走平樂，丁魁楚避入岑溪縣守險，王化澄走潯州；成棟別將楊大福、張月等，下高、廉、雷三府。癸亥，上入桂林，欲幸楚；遣使湖南，慰勞督師定興侯何騰蛟等，並趨其兵入衛。乙丑，梧州破，廣西巡撫曹燁降。兵科給事中陳邦彥起兵於高明，原任兵部右侍郎張家玉起兵於東筦。徵四川吏部尚書文安之、雲南吏部侍郎王錫袞入閣，不至。乃以翰林學士方以智為東閣大學士入直，未幾為僧去。錫袞尋為沙定洲所殺。是時，獻忠部將孫可望等由川、貴入雲南。魁楚為追騎所及，降，成棟殺之於藤江；平樂亦不守。桂林聞報，大恐；會武岡鎮劉承胤兵至全州，即赴之。二月丙戌，上幸全州。瞿式耜諫不聽，因自請保桂林；乃以式耜兼吏、兵二部尚書督師留守，以總兵新興伯焦璉兵隸麾下。封劉承胤安國公，馬吉翔、郭承昊、嚴雲從等皆為伯。以禮部尚書吳炳兼東閣大學士，入閣辦事。劉承胤以三千人援桂，自奉上歸武岡。三月癸亥，上至武岡，改為奉天府，以氓府為行宮。大清兵攻桂林，焦璉擊卻之。是時，長沙、常德俱失，何騰蛟與郝永忠等退保衡州；張先璧走寶慶，堵胤錫走永寧衛。忠貞營李赤心等攻荊州，不克，潰入歸、巫兩江間。馬進忠、王有才等遁五溪山中。武岡遠在寶慶西，依承胤以為重，承胤遂專恣。六月庚午朔，何騰蛟朝行在；上慰勞再三，錫金幣。大學士陳子壯起兵於九江鎮；秋七月甲辰，率舟師圍廣州，不克。命騰蛟督諸鎮兵守衡州；未至，衡已破，永忠等南走，騰蛟退保永州。湖南巡撫章曠卒於軍。八月己巳朔，以戶部侍郎嚴起恆為東閣大學士。壬午，大清兵破寶慶。劉承胤拒戰，敗績，遂降。馬吉翔等奉上及兩宮斬關出，夜走靖州；商丘伯侯性持兵入衛，由通道縣入蠻境，出古泥以達柳州。大學士吳炳扈從不及，死之。九月，李成棟破清遠；兵科給事中陳邦彥被執，不屈見害。冬十月，土司覃鳴珂與守道龍文明相攻，遂陷柳州，大掠，矢及上舟。丁丑，上南走象州。兵部尚書張家玉兵敗死之。時，大清已定湖南，西入黎平，永州亦破。郝永忠、盧鼎等俱入桂林，何騰蛟與嚴起恆隨至，與留守瞿式耜議分地給諸鎮，俾自為守。式耜以督焦璉兵復陽朔及平樂府，陳邦傅亦由濱州復潯州，合兵復梧州。粵西既定，屢請上入桂林。十一月丁酉朔，上回桂林。式耜與嚴起恆、王化澄並入直，騰蛟督師入全州。大清兵破高州，大學士陳子壯被執不屈，磔死。
戊子，永曆二年春丁酉朔，上在桂林。四川巡按御史錢邦芑疏報：四川全省恢定九州一百三十餘縣。上視朝，受賀。封王祥等為侯、伯，陞邦芑右僉都御史。癸亥，江西提督金聲桓、王得仁以南昌內附。二月，廣東總兵李成棟以廣東內附。郝永忠潰於興安。丁亥，入桂林大掠，上夜走南寧。何騰蛟在永寧聞警馳回，與式耜同調諸鎮兵入城守禦。三月丁巳，大清兵至桂北門，騰蛟等拒戰卻之。清師聞江西反，遂旋師。聲桓使人間道賫佛經，置密疏其中，赴南京輸款。以翰林學士朱天麟為東閣大學士。閏三月丙寅朔，皇子慈烜生，大赦，王皇后出也。夏四月乙未朔，遣吏部侍郎吳貞毓、商丘伯侯性敕勞李成棟於廣州，封惠國公；並封佟養甲襄平伯。五月，何騰蛟復全州；壬午，復寶慶府。六月甲午朔，駕幸潯州。封陳邦傅慶國公。秋七月甲子朔，次梧州，謁興陵。成棟請上移駐廣東，使其將羅成耀將甲士五千迎駕；瞿式耜請回桂林。眾議肇慶監國之地，居兩省中，遂移居焉。八月癸巳朔，駕幸肇慶。拜成棟翌明大將軍，以其子李元胤為錦衣衛指揮，使掌絲綸房事。袁彭年為左都禦吏；彭年以廣東布政使與成棟密謀內附者也。朱容藩僣稱監國於夔州，督師呂大器命川將李占春誅之。九月，召舊輔何吾騶、黃士俊入閣。冬十月，何騰蛟攻永州、衡州，克之。李成棟命其子元胤以兵三千宿衛，遂為禁旅。是時，江西、廣東俱復，惟贛州為高進庫所守，金聲桓使王得仁攻之不能克；命成棟率師助之。比成棟至，而大清兵已抵南昌；得仁還救，成棟戰不利，退屯南康。十一月，殺佟養甲。李赤心破清將線國安於湘潭，遂復益陽、湘潭、湘鄉、衡山等縣；堵胤錫圍長沙。十二月辛卯朔，封李元胤南陽伯、馬吉翔文安侯。大清兵至長沙，諸將潰，騰蛟退保湘潭。
己丑，永曆三年春正月庚寅朔，上在肇慶。壬申，朱天麟罷。戊寅，南昌破，金聲桓、王得仁皆死。二月庚寅朔，湘潭破，馬進忠敗走，何騰蛟被執不屈死之。李成棟亦敗於信豐，渡河墮水死。事聞，贈騰蛟湘中王、成棟寧夏王、聲桓南昌王，設壇祭之。以杜永和為兩廣總督，駐廣州；羅成耀守南雄。忠貞營之眾，亦潰於茶陵，由道州入粵西。堵胤錫以胡一青、趙印選兵守衡州。三月，大清兵至，胤錫走道州；衡、永二府俱不守。四月，孫可望疏請封王，廷議不可。孫可望自丁亥春入滇，據全省，稱國主，以干支紀年。其黨李定國等抗不相下，雲南監軍楊畏知誘之來歸，請封，久不決。武康伯胡執恭駐思恩，便宜矯冊印入滇封可望為秦王；而肇慶不知也。六月己丑朔，堵胤錫至肇慶，加文淵閣大學士，封光化伯，使召李赤心等出楚。七月，封可望為平遼王，賜名朝宗。劉文秀、李定國、艾能奇等皆為公。可望卻不受。冬十月癸丑，馬進忠、王進才克武岡。乙卯，克寶慶、靖州。何吾騶、王化澄罷。封黔鎮皮熊為黔國公、播鎮王祥為忠國公，防滇也。十一月辛巳，督師大學士堵胤錫卒於潯州，贈鎮國公。十二月戊申，以史館乏員，上親試士，取劉■〈艹洍〉、錢秉鐙、楊在、李來、吳龍楨、姚子莊、涂弘猷、楊致和八人，俱授庶吉士。大清兵入粵，羅成耀自南雄遁回。
庚寅，永曆四年春正月乙卯朔，上在肇慶。己未，聞庾關不守，問備禦之策，無對者。辛酉，上登舟。戊辰，韶州復破。辛未，上西幸。命戎政尚書劉遠生、給事中金堡宣諭廣州諸將，令杜永和出師。留馬吉翔、李元胤居守。庚辰，上至梧州，駐舟江干。內閣黃士俊以疾歸，召朱天麟入直。二月，大兵至廣州，圍之；調陳邦傅、高必正等東援。丁亥，戶部尚書吳貞毓等合疏論袁彭年、金堡、丁時魁、蒙正發、劉湘客朋黨誤國十大罪；上以彭年反正有功，置不問，餘下錦衣獄，遣戍。戊戌，大清兵破武岡，馬進忠退守靖州。五月，必正與邦傅有隙，率所部西回；惟邦傅東出，屯肇慶。馬寶等襲清遠，敗歸。李元胤、馬吉翔進駐三水，觀望不敢進。而潮州郝尚久、惠州黃應傑俱已降。廣州被圍日久，不能救；惟進封杜永和等為侯，以虛名慰勞而已。六月，文安之入朝，命入閣辦事。八月，孫可望復遣使至梧，自稱秦王，且以不願改號為請，付從官集議。九月，可望由雲南東襲貴州，執皮熊，又使賀九儀襲遵義；王祥師敗，自刎死。於是，張先璧、馬進忠等皆歸於可望，勢益強，地與粵西相接矣。冬十月辛巳朔，日有食之，既。十一月辛亥，廣州破，杜永和奔瓊。甲寅，桂林破，留守大學士瞿式耜、總督兵部侍郎張同敞皆死之。初，衡、永俱破，胡一青、趙印選走南粵，式耜命與焦璉，楊國棟等扼榕江。既而全州復破，榕江兵盡潰。報至梧州，乙卯，上乘砲船夜發；比曉，從官踉蹌追走。陳邦傅在清遠，聞廣州失，劫從官於藤江。內閣王化澄、吏部尚書晏清等俱走北流不得達，馬吉翔、李元胤追及於南寧。從官稍集，饑凍無人色，乃括行櫜並吉翔所獻得四千金散給之。胡一青、趙印選率滇兵駐濱州。袁彭年自佛山復降於清。十二月，命文安之出督師，經略川、秦、楚、豫，封王光典等為侯伯；所謂十三家之兵也。