九年（丙子、一六三六）正月，总理卢象升败之于朱龙桥。群贼窜扰豫、楚，散而复合。十二月，献忠驻营应城，故示羸；城中一僧勇而寡谋，率众千余出战。贼弃辎重走，众争取之。贼旋马突至，斩僧；纵骑大杀无遗，城遂陷，知县某死之。寻围云梦，不克。
十年（丁丑、一六三七）正月，官军败之于黄冈；复合诸贼东下，烽火达淮扬，间道犯安庆。诏左良玉、马爌、刘良佐合兵援之，贼败走潜山之天王古寨。良玉不肯搜山，北去。贼入英山，阻险种田，为持久计；游骑出太湖，连蕲、黄诸贼。参将程龙、潘可大，游击陈于王、蒋若来等与战于酆家店，贼多死。四月二十七日，贼七营俱至。诸将合屯拒贼，贼麾数万骑绕之。总兵许自强乘高举燎，使知救至，诸将溃围出不得，手自击杀百人，矢尽援绝，龙引火自焚死，于王自刎死，可大尸不获，若来杂马圉服以免。同死者：把总武举詹兆鹏以首触石死，王希韩力尽死，陆王猷为贼脔割死，百户王宏猷为贼锯齿、断足死；武举莫显骅、唐世龙、千总王定远、周嘉皆陷阵死。抚标张全斌、俞文夔、顾永宗、蒋达、潘象谦、李靖先后皆死。先是，张国维选才武良家子成此一军；一战而尽，安庆愈不支。按臣张煊乞援于总兵牟文绶，文绶偕刘良佐率马步九千人于闰四月之十八日破之于挂车河，贼皆遁。献忠入湖广。
十一年（戊寅、一六三八）正月，左良玉、陈洪范大破之于郧西。献忠假官旗号袭南阳，门未启而良玉至，呵问为何家兵？献忠仓皇走；副将罗岱追及之，矢着其额，又射贯其左手中指于弓檠上。良玉挥刀拂其面，贼将孙可望力格乃免（考曰：孙可望救献忠，据某氏「鸡窗剩言」补）。逃至麻城；良玉一昼夜追至榖城，又破之。
当是时，豫、楚之贼十五家。总理熊文灿刊招抚令于通都曰：『心示谕诸家贼，待以不死』。正月，闯塌天刘国能降于随州。二月，马士秀、杜应金降于信阳。献忠所将三千人皆精卒，分四营，每营一将主之。其一将韩城人薛姓者，偏盲，有计谋，首辅薛国观之子侄行也；说献忠以约降取富贵。献忠天性凶黠，好杀；然颇感陈洪范救己之恩，刻栴檀为像，每饭必祝之。既屡败，创甚，大惧；知官军中有陈将军，喜曰：『此岂吾故人邪』？诇之，良是。乃饰名姝，赍美珠、文币以进曰：『献忠蒙大恩不及报公，岂遂忘之也？愿率所部随马足自效』。洪范大喜，言于总理熊文灿；承制，命监军道张大经受其降。巡按御史林铭球、分巡道王瑞旃谋于左良玉，欲俟献忠至而执之；文灿不可。献忠时已入谷城，分屯群贼四郊。举人王秉真、诸生徐以显为之具牒，以百口保献忠无他心。所谓韩城人薛姓者，走京师，出入国观邸中，且遍见诸权贵，自国观以下多私受其币，不知献忠之为贼矣。初，新野丁举人之妹婚于河南，在涂为献忠所得而生子，即邑绅松江知府方岳贡之虚第以顿其拏。方为守，有清名；献忠移书与之曰：『使人人不爱钱如公，献忠何自作贼』？既又聘榖城敖生员之女弟为妻。改故纳降驻兵之王家河为太平镇，曰：『吾欲与榖人同之也』。制府檄至，献忠捧手再拜，呜咽流涕，自以未能放兵，不肯入襄阳；具櫜鞬迎铭球于舟，拜跪有礼节。榖士民以为献忠诚降，相贺于道。文灿初抚海寇，得重贿，袭故事行之。献忠笑谓其下曰：『此欲芝龙我也』？既，文灿为之请官、请饷、请关防，朝议多异同；则又怒谓其下曰：『此欲刘香我也』？初具军状，备调遣；既三檄之不应。楚抚余应桂言于文灿曰：『献忠恶已有端，可先发擒也』。献忠知之，则移文郧抚戴东旻曰：『公等疑我』。榖城下有河、汉、沔所汇处，献忠立关梁，征其税，月数千金。陈洪范军士获义武营关防于草中，请即以给献忠，不许；则益骄，要挟无厌，乞职衔、索月饷，请以渑、陕、庐、灵、阌五州县屯马步兵。文灿疏留中不下，献忠性不耐，迭几案于营中，教其众猱升上下，循环不已。数入城，诘知县阮之钿曰：『廷议云何』？之钿迎其意以缓之。既而所请多不遂，则掠于野。之钿告其营将；则曰：『借餐耳！得饷自止』。又掠及阛阓，一城为嚣。之钿风以祸福，献忠丑詈之。有瞽者王又天，监军张大经客也，善星学；献忠取己与其子干支示之，又天再拜贺，屏人谓之曰：『此贵不可言』！献忠辄心动。潘独鳌者，应城诸生，与邑绅争田，不平；杀知县以反，遂投贼。徐以显者，阴谲无赖，进献忠以「孙吴兵法」，造三眼枪、狼牙棒、埋伏、连弩、团营、方阵、左右营诸法。献忠大欢乐之，颇用其计谋。会罗汝才以双沟之败，亦诣文灿降，献忠与遥为声援。左良玉谓：『献忠叛形愈着，请讨之』。文灿冀以激变分谤，故露其事，而留良玉饮宴以羁之。
十二年（己卯、一六三九）五月六日，献忠毁城、劫库、放囚。之钿闻变饮酖；未绝，贼突入索印；不与，则挥刀刃之。之钿死，家人出印。贼纵火焚衙舍，之钿骸骨为烬。胁林铭球上书求封襄阳，不从；遂杀之。陈洪范所遣将马廷宝、徐起祚助防榖城者，献忠胁与俱去。王秉真以畏死从献忠，遂与于乱。明经敖某者，献忠老之，纵使出；献忠娶敖氏，其族女，明经不之知也。方岳宗者，岳贡之兄；献忠初拘之索贿。既知其无钱，而方为人任侠使气，善饮、好谈论，尝共饮；方曰：『无多酌我，我好酒狂』。献忠笑曰：『此何害，直当痛饮为乐耳』！方以此尝醉，拳殴献忠背，裂其衣；献忠壮之，不为忤。其反也，坐城头，驱百姓夷雉堞；方遥呼曰：『张敬轩将军救我』（敬轩者，献忠招降时所以自号也）！献忠挥以手曰：『尔尚未出邪』？命开西门，放方氏大小毕出。献忠至狠戾，然以居谷城久，其叛日亦不甚残杀。留书于壁，白己之叛，总理使然。具条上官姓氏，而列所取赇之月日、多寡；且曰：『襄阳道王瑞旃，不受献忠钱者，此一人耳』！闻者愧焉。
当是时，文灿招降寇九营，措置郧阳，而房县有其三：罗汝才屯于东以及南北，谓之曹操营；白贵屯于北以及东，谓之小秦王营；黑云祥屯于西，谓之整十万营。献忠曰：『吾必约汝才同反；然房不破，汝才反不决也』。鼓行而西。知房县郝景春者，才令也；其子诸生鸣銮，力万人敌，发炮石毙贼。贼负板穴城，鸣銮爇镬油灌之毙；又击伤献忠左足，杀其所爱马；遣间入贼壁，阴识献忠所卧帐，将夜袭擒之。而指挥张三锡宿与汝才通，开门揖汝才入，城遂陷；景春父子并其仆陈宜皆死之。十三家降贼一时同反；惟王光恩独奋曰：『丈夫自立门户耳！今献忠反，我辈亦反，是下之也。即公等能，我耻不为』。啮将指出血，歃牲盟焉。献忠七月二十二日去房县，左良玉偕罗岱追之。良玉易岱为前军而已随其后；至罗■〈犭英〉山（考曰：「明史」「流贼传」、「绥寇纪略」并同。而「明史」「左良玉传」又作罗猴山，「纪事本末」作罗■〈日侯〉山；俟考），军乏，食摘树叶为粮。贼伏兵山岨中以待；岱与副将刘元捷分兵进，两山草木稠杂，伏兵四起。岱马足挂于藤，抽刀断之，蹶而复进；弃马登山。贼围急，岱发箙中数十矢，贼多伤，矢尽被获。良玉大败奔还，军符、印信尽失，弃军资十余万，士卒死者万人。献忠谋入陕，陕督郑崇俭率诸将扼兴安。贼犯兴山、太平等县，屯秦、蜀之交界，分兵阚合江、窥大宁。川抚邵捷春遣兵与副将王之纶、方国安拒之；八月，败绩于汤家灞，都司何明战死。九月，方国安之部将岳宗文、谭■〈金弘〉破贼于三尖峰，又破之于黑水河。献忠与汝才分其军，自白水之碧鱼口入秦、合江之萧家坡入楚。文灿待罪襄阳，不知所出。十月朔，杨嗣昌代文灿督师。
明年（庚辰、一六四六）闰正月二十四日，左良玉合诸军击贼于枸坪关。献忠败走，规取太平县以休士马。良玉驻军渔渡溪，郑崇俭亦引兵来会。献忠闻两道俱至，乃移营九滚坪以待，据玛瑙山。官军以二月初四日追贼于九滚坪，不见贼；初七日，始抵玛瑙山。贼乘高鼓噪，气甚盛。良玉下马，披荆榛相险易，周览者久之，曰：『吾知所以破贼矣』！分所进道为三：左兵当其二，陕兵当其一。令曰：『闻鼓声而上』！左右夹击，贼阵坚不可动；官军奋勇鏖战，贼溃，坠崖涧者无算，追奔四十余里。左兵斩首二千二百八十有七，扫地王曹威、白马、邓天王等贼渠十六人皆死。降贼监军张大经，亦为官军所诛。献忠妻妾九人，被获者七。获伪金印一、镂金龙棒一、伪令旗令箭各八、卜卦金钱二、马骡千余头、甲仗军资以数千计，阵降贼将三百三十八人。陕兵斩首一千三百三十有三，降贼将二十五人。贺人龙部卒获赐熊文灿准抚献忠敕书；别将收献忠大刀，上镂「天赐飞刀」四字（考曰：「北略」载良玉破献忠事与诸书颇异，且月日不符，盖不足信，录之备考。「北略」云：『六月，左良玉遣降将刘国能围献于太平县之玛瑙山中。献食尽，分兵四出抄粮，不得粮归者尽杀之。未归者诣嗣昌降，良玉使国能将之，诈称粮至；献开营延入，国能大破之。斩首万级，扫其营垒、擒其妻孥，与徐以显、潘独鳌等送襄阳狱。献忠攀藤越岭逃去』）。是月，湖广将张应元、汪之凤乘胜逐北。十六月，及之于水右坝，斩馘九百。献忠又走岔溪、千江河，四川将张令、方国安又破之。张令者，故奢崇明降将，年七十余，能马上用五石弩，为贼所惮。献忠既由千江河之十二湾转入柯家坪，其地崇牙错峙，箐薄绵亘。令深入被围，猛气弥厉，以五千人与数万贼相持十三日；救至，乃解，杀贼已数千人。人龙等追败之于盐井，斩首千五百有奇。诸将又连破之木瓜渡、黄墩，斩首四千二百八十有二。献忠率千余骑窜兴、归山中，势大蹙。
四月，左良玉进屯兴安、平利诸山，连营百里。献忠遣间操重宝说良玉，围而不攻；因得与山民市盐、刍、米、酪，收散亡，养痍伤。久之，掩旗息鼓走白羊山而西，与罗汝才合。时汝才与过天星从宁昌窥大昌、巫山，欲渡江而为官兵所扼；汝才颇忧之。献忠虽屡败而气益盛，立马江岸，不前赴者辄斩之。贼争死斗，官军退走。贼乃渡江，结营万顷山、苦桃湾；其别部阵于红茨岸、青平寨，归、巫大震。杨嗣昌闻之，七月，引军出彝陵，顾虚恢不能进取。监军万元吉集川将守归、巫诸隘，而檄陕将贺人龙、李国奇、湖广将张应元、汪之凤、张奏凯等专击贼。湖广兵自达州入夔，营于土地岭，而贺人龙逗挠不至。献忠悉锐来攻，应元等苦战不决，贼分兵从后山下突乘之；应元中流矢，突围出，收残卒拒贼于巴雾川。之凤走他道，渴饮斗水卧，血凝臆而死；所将潘映奎亦死。时川抚邵捷春用其将邵仲光之言，谓大昌之上、中、下马渡水浅地平，难持久；乃扼水寨之观音岩为第一隘，而夜叉岩、三黄岭、磨子岩、鱼河洞、下涌诸处各分兵三四百人以守。元吉以分兵力弱为忧。贼果于九月先突观音岩，窥下马渡无备，破之。元吉急檄诸将邀之于谭家岭、七箐坎、干溪；而张奏凯以专兵屯净壁。已而献忠从竹菌坪突过净壁，陷大昌，进屯开县；张令中弩死，石砫司女将秦良玉亦败。捷春收其兵屯梁山。献忠以梁山河水深，不得渡；而达州河浅，乃自开县西走，复东向趋达州。方国安不能拒，贼遂渡河长驱。捷春退屯绵州，扼涪江。贼疾走陷剑州，趋广元，将间道入汉中；总兵赵光远、贺人龙拒之于阳平关，乃复走巴西。张应元合楚、蜀兵邀之于梓潼，战小利，贼反斗被恤；川将曹志耀、王光启、张世福力战却之，降将张一川、张载福殁于阵。涪江军闻之，遂溃。献忠屠绵州，趋内江。有土司家将毛文者，败之于东瓜崖，杀贼渠曹四；贼乃偃旗鼓走成都，穴城将穿。城中有董卜蛮者，出与战；贼大败，死万人，乃遁（考曰：本「蜀碧」）。
十一月，杨嗣昌既疏逮邵捷春，乃进军驻重庆。万元吉飨士于保宁，用猛如虎为正总统、张应元副之，率军趋绵州，分屯要害。元吉自间道走射洪，遏蓬溪以待贼。贼方屯安岳之周里场，谍知官军且至，宵遁。官军遏其归路，贼转掠什邡、绵竹、安县、德阳、金堂间，所至空城遁。
十二月，献忠陷泸州。泸州三隅皆形锐而面江，惟立石站一路可北走。贼既走绝地，元吉谋以大兵自南捣其老巢，伏兵旁塞玉蟾寺，蹙贼北窜永川，逆而击之。而永川令戴尧云者先期遁，向导无人；元吉按行城中，惟丞、簿一、二人。贼渡南溪，陕军纵之；遂越成都，走汉川、德阳，入巴州。