庚戌，三合會蜂起兩廣各地，見秀全之得勝也，勢益張。咸豐甲寅，兩廣皆亂。其年，占領廣東之肇慶、佛山、東莞各地，廣州幾為所包圍，珠江悉為所據有。占領各地之頭目，雖多放蕩無賴，然軍隊尚有紀律，統率之者亦多得力，又知公表其目的，其旗有「反清復明」等字，而對於外人，亦知竭力聯絡之。然自此官軍與三合軍顯有區別，而官軍之運餉廣州者，轉得利用外人之助，懸外國旗，安然行過三合會之礮臺與軍艦間矣。
十一月，廣東豪商某備艦隊，運兵向佛山，與三合會戰。三合軍大勝，獲軍弁四五十人，且戮兵士無算。後又戰於珠江，即用此艦隊攻破官軍之兵艦四十四艘。
在廣東通商之外人，惡亂之久也，遂亦不望三合會之有成功，而被累尤甚之英人，亦漸袒官軍。會三合會渙散，中有率黨而遁者，泰半至廣西之外郡。餘八千人，至桂林，與將軍羅某合，形勢遂大變。乙卯，官軍益順利，而省城外十數村鎮皆為官軍所克矣。
廣東總督葉名琛之鎮懾三合會也，為法至嚴，然兩廣、江西、福建諸省尚時有暴動。方英、法同盟軍占領廣東時，石達開自湖南進兵廣西，欲攻據桂林，三合會乘之，乃再有回復之希望。戊午，陳清康率兵數千，會集於廣東之北，隱有占領廣東之計，將待同盟軍退，即擬起事。適攻擊桂林之粵寇遇強悍之官軍，突圍逃廣東，更於中途脅諸無賴，加以三合軍，勢遂益盛，其主力軍乃再向廣西而進。主力之粵寇既去，官軍乃逕攻三合軍，並用賄通、懸賞等法，潛約三合會副統領陳政及諸頭目，謀殺清康，率眾投降。政遂斬清康，官軍乃大得勝。官吏為升職地，欲以血戰報告，乃捕與內應無涉之三合會員二千餘人斬之。於是十年之間，凡三合會之在廣東及其鄰境傳播無政府論者，悉處以極刑，捕縛者一不宥恕，其家族之幸逃至香港者，既無官吏管轄，則仍昌傳反清復明之主義焉。
光緒丙戌，廣東惠州府寧山有三合軍三千人抗官起事，別有石工四百，編一隊，為三合軍之應援，由香港至九龍山會集。至歸善，則寧山之三合軍已為官軍擊敗，於是此援軍即解散矣。
戊戌，三合會頭目李立亭、洪振年等起事於廣西鬱林、南寧一帶，連陷各城，所餘僅梧州、桂州耳、官軍多投降之。粵寇以後，此為第一大亂。延十數月，官軍鎮定之。
庚子，三合會頭目鄭弼臣等與興中會首領孫逸仙相約，受其指揮，在廣東惠州樹革命幟，所在響應，從者逾二萬人。然外絕輸運藥彈之途，官軍之援兵頻至，不可支，遂解散。是役也，日本山田良政亦戰死於虎頭山。
以上為三合會小歷史，其宗旨始不過反清復明，自逸仙變化其思想，易而為近世之革命黨，其徒黨徧伏各地。辛亥革命之所以風靡南方者，三合會未始無力也。
此外則有海外三合會，由中國本部黨員扶植其勢力於海外，不僅以傾覆政府為宗旨，貧病死喪亦互相援助，以是僑民欽其義，入會者益多。十九世紀之初，諸會員之自福建、廣東而至南洋羣島者，每於其地犯法，或保庇犯法之人，殖民政府無如之何。且不僅因犯罪而騷擾，猶有因各公所會員屢起爭鬬者，必大經殘殺以後，始略鎮定。然固不抗叛殖民政府，即其政府起而鎮服之，亦不違異，以其所懷思想雖為無政府主義，然不過自相爭鬬耳。
道光辛丑，中英之戰端既開，新嘉坡之三合會即因以再起覆清興明之望，屢與殖民政府協商。時各頭目多豪宕不羈，惟部下悉無賴，常劫奪財物。殖民政府欲有以約束之，於是向各公所會員強行錄載人名，由是得揣測其會員之多寡，知其頭目為何人，遇會員有違法者，其責任始有所屬。數年來，政府大便利之。後來者十九皆三合會員，殖民政府乃思為一網打盡之計，於數十萬之中國人，特定一審判權而保有之。於是各會員始與其地之政府為敵，更秘密運動以求勝之。而其地政府之官吏亦漸覺其言語風俗之異，不易應付，且中國人之至自各內地者，語言又互異，雖鎮壓之，責任在各頭目，然不能悉通其土語，即無從施其約束焉。