生生子曰：天人一致之理，不外乎阴阳五行。盖人以气化而成形者，即阴阳而言之。夫二五之精，妙合而凝，男女未判，而先生此二肾，如豆子果实，出土时两瓣分开，而中间所生之根蒂，内含一点真气，以为生生不息之机，命曰动气，又曰原气，禀于有生之初，从无而有。此原气者，即太极之本体也。名动气者，盖动则生，亦阳之动也，此太极之用所以行也。
两肾，静物也，静则化，亦阴之静也。此太极之体所以立也。动静无间，阳变阴合，而生水火木金土也，其斯命门之谓欤。
《素问》曰：“肾藏骨髓之气”。又曰：“北方黑色，入通于肾，开窍于二阴，藏精于肾”。《难经》曰：“男子以藏精”，非此中可尽藏精也，盖脑者髓之海，肾窍贯脊通脑，故云。
生生子曰：三十六难言肾有两脏，其左为肾，右为命门。命门者，诸神精之所舍，男子以藏精，女子以系胞，故知肾有二也。三十九难言：“五脏亦有六脏者，谓肾有两脏也。其左为肾，右为命门。命门者。
精神之所舍也。男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通”。细考《灵》、《素》，两肾未尝有分言者，然则分之者，自秦越人始也。追越人两呼命门为精神之舍，原气之系，男子藏精，女子系胞者，岂漫语哉？是极归重于肾为言。谓肾间原气，人之生命，故不可不重也。《黄庭经》曰：肾气经于上焦，营于中焦，卫于下焦。《中和集》曰：阖辟呼吸，即玄牝之门，天地之根。
所谓阖辟者，非口鼻呼吸，乃真息也。越人亦曰：肾间动气者，人之生命，五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之原。命门之义，盖本于此，犹儒之太极，道之玄牝也。观铜人图命门穴不在右肾，而在两肾俞之中可见也。
《难经》虽有命门之说，并无左右水火之分，何后人妄臆指命门属相火耶！顾《灵》、《素》三阴三阳、手足十二经配合，皆有定偶，以象十二时、十二月、十二律之意，今又以命门为属火，则当统之于何经？十二经既无所统，则两肾皆属少阴水可知。《黄庭经》曰：两部肾水对生门（左肾为壬，右肾为癸。
生门者，脐也）。或曰：然则《脉诀》何谓命门配三焦，属相火也？余曰：此高阳生之误，戴同父辩之已详。三焦是手少阳经，配手厥阴经为表里，乃手经配手经，火配火为定偶也，岂有手配足，火配水之理哉？
！滑伯仁《难经本义》注曰：命门其气与肾通，则亦不离乎肾，其习坎之谓欤（坎者，水也。易谓上下二坎相重，阴而又阴，故曰习坎）。手心主为火之闰位，命门即水之同气欤。命门不得为相火，三焦不与命门配，亦明矣。虞庶亦云：诸家言命门为相火，与三焦为表里，按《难经》只有手心主与三焦为表里，无命门三焦表里之说。据此，则知诸家所以纷纷不决者，盖有惑于《金匮真言篇》王注，引《正理论》谓“三焦者，有名无形，上合手心主，下合右肾”，遂有命门三焦表里之说。夫人身之脏腑，一阴一阳，自有定偶，岂有一经两配之理哉！夫所谓上合手心主者，正言其为表里；下合右肾者，则以三焦为原气之别使而言之尔。知此，则知命门与肾通，三焦无两配，而诸家之说不辩而自明矣。或曰：如子所云，则命门属水欤？予曰：右肾属水也，命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极。五行由此而生，脏腑以继而成。若谓属水属火，属脏属腑，乃是有形质之物，则外当有经络动脉，而形于诊，《灵》、《素》亦必着之于经也。或曰：然则越人不以原气言命门，而曰右肾为命门何也？予曰：此越人妙处，乃不言之言也，言右肾则原气在其中矣。盖人身之所贵者，莫非气血，以左血右气也。观《黄帝阴符经》曰：人肾属于水，先生左肾，象北方大渊之源；次生右肾，内有真精，主五行之正气。越人故曰原气之所系，信有核欤。
或曰：《灵》、《素》命门有据乎？予曰，《阴阳离合篇》有“太阳根起于至阴，结于命门”（至阴，穴名，在足小指外侧）。启玄子注曰：“命门者，藏精光照之所，则两目也。”《灵枢》亦曰：“命门者，目也。”盖太阳乃肾之表，目者宗脉精华之所聚，故特以精华之所聚处，而名之为命门也。（上释命门）