十一月，進方國安為荊國公、王之仁為寧國公、鄭遵謙為義興伯。上勞軍於江上，駐蹕西興。築壇拜方國安，命各營皆受節制。時馬士英、阮大鋮竄入方營，欲朝見，上不許；下群臣會議，多言士英當誅。熊汝霖曰：『此非殺士英時也！正欲令其自贖耳』。兵部主事宗羲曰：『非不當殺，但不能殺耳。然春秋之義，孔子亦豈能殺陳恒，固不可言不當殺也』。
十二月，上回越城。以謝三賓為禮部尚書；尋入東閣。鑄「大明通寶」錢。兵部主事王正中進某所造監國魯元年大統曆。
魯元年丙戌正月己酉朔，上在紹興。以柯夏卿、曹維才為使，奉書閩中。
二月，張國柱掠餘姚，其部曲張邦寧掠慈溪。國柱者，劉澤清之標將也；航海至東浙，依王鳴謙於定海。國柱有弓箭手五百人，其力足以制嗚謙，乃劫之入內。行朝震恐，議以伯爵縻之。宗羲與孫嘉績裁量，署為勝虜將軍；始返定海。
總兵陳梧敗於檇李，渡海掠餘姚之鄉聚；王正中遣兵擊之鄉聚相犄角，殺梧。朝議罪正中；宗羲言『梧之見殺，犯眾怒也；正中保守地方，不當罪』。乃止。
三月十九日，毅宗大祥。董守諭請朝堂哭臨，三軍縞素一日；從之。
北兵決壩放船入錢塘江，張國維嚴飭各營守汛。王之仁率水師襲戰，乘風碎北船數十隻，鄭遵謙獲鐵甲八百餘副。
四月，王正中率師渡海鹽，破澉浦城。
五月，加孫嘉績、熊汝霖東閣大學士。兩督師所將皆奇零殘卒，不能成軍；嘉績以其兵盡付宗羲，宗羲與王正中合師三千人。西浙來受約者，尚寶司卿朱大定、太僕寺卿陳潛夫、兵部主事吳乃武、查繼佐，又數百人附之。渡江劄譚山，將取海寧；以江上兵潰而返。
六月丙子朔，兵潰。時夏旱水涸，有浴於江者，徒涉往返。北兵驅馬試之，不及於腹；數十騎過江，而列戍驚擾，走死不暇矣。上由江門出海，令保定伯毛有倫扈元妃、世子由定海而出，張國維、陳函輝、余煌、王之仁皆死之；方國安、方逢年、馬士英、阮大鋮皆降，從征福建。方、馬至半途，伏誅。大鋮未降之前，先同逆案之馮銓巳書其姓名囑諸南征者，懸內院之缺以待；大鋮初降，不知也。其同邑潘應奎（逆案潘汝楨之子）時為委署杭嚴道，名位下大鋮數等。大鋮入謁，應奎故作聲色，欲斬以靳之；大鋮不覺屈膝。既而示以銓書，則大喜過望。踰仙霞嶺，見雷縯祚索命，墜馬折頸而死。