以天興府學為國子監。上幸學，祭酒賴垓進講；三品以上官坐聽，其餘侍圜橋，觀者濟濟。
九月，總督丁魁楚獻桂林之捷。先是，靖江王亨嘉僣號，改桂林為西京；封楊國威等為公侯，發兵至梧州，執巡撫瞿式耜以去。據有郡邑，將逼廣東。魁楚拒之，靖（江）兵戰敗；圍桂林，破之；俘亨嘉及其臣顧奕、楊國威等至福京，而式耜照舊巡撫桂林。上命楚、淮諸王會議，廢亨嘉為庶人，幽之別館；尋病死，顧奕等棄市。會冊封桂王，併封魁楚平粵伯。
上欲不次用人，以鎮江諸生錢邦■〈艹已〉為御史；熊開元執不可，不聽。已而邦■〈艹已〉糾開元，開元辭去。上以王期升為總憲、彭遇颽為僉都御史，路振飛、曾櫻封還內降；上曰：『方今多事，用人必欲循常格，非休休之度』！振飛言『彭遇颽新進士，降賊而南，乞憐馬士英，巡按浙江，搜括民財，至於激變；期陞在太湖，奉簡州知州朱盛徵（系宗室），始稱通城王，繼稱皇帝，賣官、奪女，兩山百姓不容，故爾逃來。非臣等之私隙也』。上乃罷二人。
二十四日，徽州陷；右僉都御史金聲被執至南京，死之。
十月，黃道周見鄭氏偷安，殊無經略志，自請出關；芝龍不與一兵。道周以忠義激發，旬月之間，義師頗集；親書誥身獎語，給為功賞，得之者榮於誥敕。然皆未練之兵，不能應敵；至有僧軍，鋤耰棘矜以隨其後者，名「扁擔兵」。從廣信抵衢州；婺源令某，故道周門人也，馳書誘道周，許為內應；道周信之。至明堂里，北師猝至，遂為北帥張（按原刊為「長」）天祿所執，殉節於南京；賜謚忠烈。
自道周出師後，何吾騶自廣東至；用為首輔；賜銀章曰：「輔佐中興」。
上親征，以唐、鄧二王監國；鄭芝龍留守，料理兵餉。鄭鴻逵為御營左先鋒，出浙江；鄭彩為御營右先鋒，出江西。築台西郊，擇吉日親行推轂禮。鴻逵出城，馬蹶仆地；及上誓師，方授鉞，而大風忽起，旗幟披靡，天帝高皇位前燭滅，三軍莫不失色。
十二月六日，上發福京；二十八日，駐蹕建寧。
二年丙戌正月己酉朔，上不受朝賀。以三大罪自責，布衣疏食；臣下各戴罪。
馬金嶺兵變，命路振飛至浦城安撫。