芝龍幼習海，群盜皆故盟或門下。就撫後，海舶不得鄭氏令旗不能來往；每船例入三千金，歲入千萬計，以此富敵國。自築城於安平鎮，艫舳直通臥內。所部兵自給餉，不廩於官。鐖鑿剽銳，徒卒競勸。凡賊遁入海者，檄付芝龍，取之如寄。以故鄭氏貴震於七閩。
既而成功陛見，隆武奇之；撫其背曰：『惜無一女配卿，卿當盡忠吾家，無相忘也』！賜姓朱，改名成功；封御營中軍都督，賜尚方劍，儀同駙馬。自是，中外稱「國姓」云。是年，日本送歸其母。
芝龍以擁立非本意，日與文臣忤；又度天朝神武，必不能偏安一隅，密有歸款意。時招撫江南者內院洪承疇、招撫福建者御史黃熙胤，皆晉江人，與芝龍同里，通聲問。一日，成功見隆武愁坐，悲來填膺；跪奏曰：『陛下鬱鬱不樂，得毋以臣父有異志耶？臣受國厚恩，義無反顧，臣以死捍陛下矣』。
及兩浙敗，關門不戒。芝龍亦以不出關，無以厭人望，乃分兵為二；聲言萬人，實不滿千。以鴻逵為元帥，出浙東；永勝伯鄭彩副元帥，出江右。隆武倣淮陰故事，築壇郊送之。既至關，疏稱餉缺，駐不發。詔書切實，不得已，踰關行四、五里而還。
三年六月，封成功忠孝伯。八月，隆武親征，駐建寧；欲往江右就贛督楊廷麟、萬元吉、楚督何騰蛟等，猶豫未決。芝龍疏請航海，拜疏即行。武毅伯施福撤關兵歸。隆武駕陷汀州（帝與曾后駢斬汀州城下），成功南潰。方官軍之未至泉也，芝豹閉城門，大索薦紳、富民餉；不應，立梟之。訪親家母於庭，抵暮得數萬金。俄而，貝勒王及固山兵至，乃潰。成功母不去，死之。成功大號，慟不自勝。
芝龍退保安平，軍容甚盛，旌旗搖海。以洪、黃之信未通，猶豫未敢迎師。又自以先撤關兵，無一矢加遺，於天朝為忠；而兩廣素屬部下，若招以自效，「閩粵總制」可得，猶然南面王也。泉紳郭必昌與芝龍厚，貝勒王令招之。芝龍曰：『我非不忠於清，恐以立主為罪爾』。會固山兵逼安平，芝龍怒曰：『既招我，何相逼也』！貝勒王乃退固山，離安平三十里而軍；以書招之曰：『吾所以重將軍者，以將軍能立唐藩也。人臣事主，苟有可為，必竭其力；力不勝天，則投明而事，乘時建不世之功，此士之一時也。若將軍不輔立，吾何用將軍哉！且兩粵未平，今鑄「閩粵總督」印以相待。吾所冀將軍來者，欲商地方人才故也』。芝龍得書，大喜；則召成功計事。成功泣諫曰：『父教子忠，不聞以貳。且北朝何信之有』？芝龍曰：『喪亂之天，一彼一此，誰能常之。若幼，惡識人事』！遂進降表。過泉州，大張文告，豔投誠之勳；猶持貝勒王書招搖，市官者就議價。至福州見貝勒王，握手甚歡，折箭為誓；命酒飲三日夜。貝勒王知成功黠，俟以俱行；既而不至，芝龍嘆曰：『成功去，清朝其敝乎！使君憂者，必此子也』。夜半，忽拔砦挾芝龍以北。
成功雖遇主列爵，實未嘗一日典兵柄；意氣狀貌，猶書生也。既力諫不從，又痛母死非命，乃悲歌慷慨，謀起師。攜所著儒巾、藍杉，赴文廟哭焚之；四拜先師，仰天曰：『昔為孺子，今為孤臣；向背去留，各有作用。謹謝儒服，惟先師昭鑑之』！高揖而去；禡旗糺族，聲淚俱併。與所善陳輝、張進、施琅、施顯、陳霸、洪旭等盟歃願從者九十餘人，乘二巨艦斷纜行，收兵南澳，得數千人，文稱「忠孝伯招討大將軍罪臣朱成功」。
其明年，遙聞永明王即位肇慶，改元永曆；成功則奉朔，提師歸自南澳，舊眾稍集；年二十四。時廈門、浯州為鄭彩及弟定遠侯鄭聯所據，乃泊鼓浪嶼，與廈門隔帶水。廈門者，中左所也；所謂浯州者，金門也。隸同安，為兩島。
七月，會永勝弟兄入寇海澄；不克而還。
八月，與鴻逵合攻泉州，敗提督趙國佐數百騎於桃花山；追至城下，國佐授甲登陴。其明日，我副將王進自漳赴援，圍解；成功回島，鴻逵艤舟泉港。自冬徂春，郡邑戒嚴。