中外文武臣僚，恭勸登極，乃於閏六月二十七日即皇帝位於南郊。詔曰：『朕以天步多艱，皇家末造，憂勞監國，又閱月於茲矣。天下勤王之師，既以漸集；嚮義之心，亦以漸起；匡復之謀，亦漸有次第。朕方親從行間，鼓舞率勵，以觀厥成。而文武臣僚，咸稱萃渙之義，貴於立君；寵綏之方，本於天作。時哉弗可失，天定靡不勝。朕自顧缺然，未有丕績，以仰對上帝、克慰祖宗。而臨安委轡，尊攘無期，大小汎汎如河中之水，朕敢不黽勉以副眾志而慰群望！朕稽載籍，漢光武聞子嬰之信，以六月即位鄗南，即以是年為建元元年，誕膺天命；昭烈聞山陽之信，以四月即位漢中，即以是年為章武元年，立宗廟社稷。艱危之中，豈利大寶？亦維是興義執言，繫我臣庶之故也。以今揆古，即以是年為元年。其承天翊運定難功臣，悉以次第進爵行賞；分茅胙土，稍俟恢復，以勒勳庸。其翊運宣猷守正文臣，亦以次進級。別需表章孝秀耆宿軍民人等，俱依前諭優給。行在所有山川鬼神，除淫祠外，皆遣正官精禋祭告，以示朕纘緒為天下請命之意焉』。
以是年為隆武元年，頒詔於八府、一州，有一十八款。時於行在午門外，宣讀詔書，臣民跪聽者數千人。先是五鼓，聖駕自督府移入布政司，燈燭輝煌，軍容壯麗。各官咸以次入，觀者如堵。平彝鄭芝龍戎裝騎馬行於駕前，定清鄭鴻逵率禁軍殿其後。至司，即入行宮，百官鵠立，如聞環佩之聲。寅時，上用袞冕玄服，升殿受朝賀。初行五拜二叩頭禮，繼又行二十四拜焉；亦海濱一曠觀也。
改布政司為行殿，匾鼓樓門為「行在大明門」。
諡唐國高、曾、祖、考四代，親上洪號。
以按察司為平彝侯府，都司為錦衣衛，鹽運司為通政司，巡撫衙門為吏部，海道衙門為戶部，提學道衙門為都察院，稅課司為南察院；餘各官皆租民房受事。一時創制，耳目更新。
改福州府為天興府，以少卿銜攝知府事。蓋以龍飛首郡比順天、應天、承天之例，故改為天興，從吏部主事余颺之請也。
七月初六日，誅清使馬得廠。
改天興府學為國子監。先是，辛巳颶風壞學宮，郡人馬思理與諸生鄭澤等謀重修；茲始落成，似有待聖天子崇祀先師，為中興國學。鄭澤等准貢入監，馬思理加陞一級有差。
設五城東、西、南、北、中巡視御史，兵馬司如之。
旌表錢塘縣知縣顧咸建死節。