表至，导封以还敦，敦复遣奏之。
初，敦务自矫厉，雅尚清谈，口不言财色。既素有重名，又立大功于江左，专任阃外，手控强兵，群从贵显，威权莫贰，遂欲专制朝廷，有问鼎之心。帝畏而恶之，遂引刘隗、刁协等以为心膂。敦益不能平，于是嫌隙始构矣。每酒后辄咏魏武帝乐府歌曰："老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已。"以如意打唾壶为节，壶边尽缺。及湘州刺史甘卓迁梁州，敦欲以从事中郎陈颁代卓，帝不从，更以谯王承镇湘州。敦复上表陈古今忠臣见疑于君，而苍蝇之人交构其间，欲以感动天子。帝愈忌惮之。俄加敦羽葆鼓吹，增从事中郎、掾属、舍人各二人。帝以刘隗为镇北将军，戴若思为征西将军，悉发扬州奴为兵，外以讨胡，实御敦也。永昌元年，敦率众内向，以诛隗为名，上疏曰：
刘隗前在门下，邪佞谄媚，谮毁忠良，疑惑圣听，遂居权宠，挠乱天机，威福自由，有识杜口。大起事役，劳扰士庶，外托举义，内自封植；奢僣过制，乃以黄散为参军，晋魏已来，未有此比。倾尽帑藏，以自资奉；赋役不均，百姓嗟怨；免良人奴，自为惠泽。自可使其大田以充仓廪，今便割配，皆充隗军。臣前求迎诸将妻息，圣恩听许，而隗绝之，使三军之士莫不怨愤。又徐州流人辛苦经载，家计始立，隗悉驱逼，以实己府。当陛下践阼之始，投刺王官，本以非常之庆使豫蒙荣分。而更充征役，复依旧名，普取出客，从来久远，经涉年载，或死亡灭绝，或自赎得免，或见放遣，或父兄时事身所不及，有所不得，辄罪本主，百姓哀愤，怨声盈路。身欲北渡，以远朝廷为名，而密知机要，潜行险慝，进人退士，高下任心，奸狡饕餮，未有隗比，虽无忌、宰嚭、弘恭、石显未足为喻。是以遐迩愤慨，群后失望。
臣备位宰辅，与国存亡，诚乏平勃济时之略，然自忘驽骀，志存社稷，岂忍坐视成败，以亏圣美。事不获已，今辄进军，同讨奸孽，愿陛下深垂省察，速斩隗首，则众望厌服，皇祚复隆。隗首朝悬，诸军夕退。昔太甲不能遵明汤典，颠覆厥度，幸纳伊尹之勋，殷道复昌。汉武雄略，亦惑江充谗佞邪说，至乃父子相屠，流血丹地，终能克悟，不失大纲。今日之事，有逾于此，愿陛下深垂三思，谘询善道，则四海乂安，社稷永固矣。
又曰：
陛下昔镇扬州，虚心下士，优贤任能，宽以得众，故君子尽心，小人毕力。臣以暗蔽，豫奉徽猷，是以遐迩望风，有识自竭，王业遂隆，惟新克建，四海延颈，咸望太平。
自从信隗已来，刑罚不中，街谈巷议，皆云如吴之将亡。闻之惶惑，精魂飞散，不觉胸臆摧破，泣血横流。陛下当全祖宗之业，存神器之重，察臣前后所启，奈何弃忽忠言，遂信奸佞，谁不痛心！愿出臣表，谘之朝臣，介石之几，不俟终日，令诸军早还，不至虚扰。
敦党吴兴人沈充起兵应敦。敦至芜湖，又上表罪状刁协。帝大怒，下诏曰："王敦凭恃宠灵，敢肆狂逆，方朕太甲，欲见幽囚。是可忍也，孰不可忍也！今亲率六军，以诛大逆，有杀敦者，封五千户侯。"召戴若思、刘隗并会京师。敦兄含时为光禄勋，叛奔于敦。
敦至石头，欲攻刘隗，其将杜弘曰："刘隗死士众多，未易可克，不如攻石头。周札少恩，兵不为用，攻之必败。札败，则隗自走。"敦从之。札果开城门纳弘。诸将与敦战，王师败绩。既入石头，拥兵不朝，放肆兵士劫掠内外。官省奔散，惟有侍中二人侍帝。帝脱戎衣，著朝服，顾而言曰："欲得我处，但当早道，我自还琅邪，何至困百姓如此！"敦收周顗、戴若思害之。以敦为丞相、江州牧，进爵武昌郡公，邑万户，使太常荀崧就拜，又加羽葆鼓吹，并伪让不受。还屯武昌，多害忠良，宠树亲戚，以兄含为卫将军、都督沔南军事、领南蛮校尉、荆州刺史，以义阳太守任愔督河北诸军事、南中郎将，敦又自督宁、益二州。
及帝崩，太宁元年，敦讽朝廷征己，明帝乃手诏征之，语在《明帝纪》。又使兼太常应詹拜授加黄钺，班剑武贲二十人，奏事不名，入朝不趋，剑覆上殿。敦移镇姑孰，帝使侍中阮孚赍牛酒犒劳，敦称疾不见，使主簿受诏。以王导为司徒，敦自为扬州牧。