洪武二年命祭马祖、先牧、马社、马步之神，筑坛后湖。礼官言：“《周官》春祭马祖，天驷星也；夏祭先牧，始养马者；秋祭马社，始乘马者；冬祭马步，乃神之灾害马者。隋用周制，祭以四仲之月。唐、宋因之。今定春、秋二仲月，甲、戊、庚日，遣官致祀。为坛四，乐用时乐，行三献礼。”四年，蜀明升献良马十，其一白者，长丈余，不可加鞯勒。太祖曰：“天生英物，必有神司之。”命太常以少牢祀马祖，囊沙四百斤压之，令人骑而游苑中，久之渐驯。帝乘之以夕月于清凉山。比还，大悦，赐名飞越峰。复命太常祀马祖。五年，并诸神为一坛，岁止春祭。永乐十二年，立北京马神祠于莲花池。其南京马神，则南太仆主之。
南京神庙
初称十庙。北极真武以三月三日、九月九日，道林真觉普济禅师宝志以三月十八日，都城隍以八月祭帝王后一日，祠山广惠张王渤以二月十八日，五显灵顺以四月八日、九月二十八日，皆南京太常寺官祭。汉秣陵尉蒋忠烈公子文、晋成阳卞忠贞公壸、宋济阳曹武惠王彬、南唐刘忠肃王仁瞻、元卫国忠肃公福寿俱以四孟朔，岁除，应天府官祭。惟蒋庙又有四月二十六日之祭。并功臣庙为十一。后复增四：关公庙，洪武二十七年建于鸡笼山之阳，称汉前将军寿亭侯。嘉靖十年订其误，改称汉前将军汉寿亭侯。以四孟岁暮，应天府官祭，五月十三日，南京太常寺官祭。天妃，永乐七年封为护国庇民妙灵昭应弘仁普济天妃，以正月十五日、三月二十三日，南京太常寺官祭。太仓神庙，以仲春、秋望日，南京户部官祭。司马、马祖、先牧神庙，以春、秋仲月中旬，择日南京太仆寺官祭。诸庙皆少牢，真武与真觉禅师素羞。
功臣庙
太祖既以功臣配享太庙，又命别立庙于鸡笼山。论次功臣二十有一人，死者塑像，生者虚其位。正殿：中山武宁王徐达、开平忠武王常遇春、岐阳武靖王李文忠、宁河武顺王邓愈、东瓯襄武王汤和、黔宁昭靖王沐英。羊二，豕二。西序：越国武庄公胡大海、梁国公赵德胜、巢国武壮公华高、虢国忠烈公俞通海、江国襄烈公吴良、安国忠烈公曹良臣、黔国威毅公吴复、燕山忠愍侯孙兴祖。东序：郢国公冯国用、西海武壮公耿再成、济国公丁德兴、蔡国忠毅公张德胜、海国襄毅公吴桢、蕲国武义公康茂才、东海郡公茅成。羊二，豕二。两庑各设牌一，总书“故指挥千百户卫所镇抚之灵”。羊十，豕十。以四孟岁暮，遣驸马都尉祭。
初，胡大海等殁，命肖像于卞壸、蒋子文之庙。及功臣庙成，移祀焉。永乐三年，以中山王勋德第一，又命正旦、清明、中元、孟冬、冬至遣太常寺官祭于大功坊之家庙，牲用少牢。
京师九庙
京师所祭者九庙。真武庙，永乐十三年建，以祀北极佑圣真君。正德二年改为灵明显佑宫，在海子桥之东，祭日同南京。
东岳泰山庙，在朝阳门外，祭以三月二十八日。
都城隍庙，祭以五月十一日。