正德十一年，立伏羲氏庙于秦州。秦州，古成纪地，从巡按御史冯时雄奏也。嘉靖间，建三皇庙于太医院北，名景惠殿。中奉三皇及四配。其从祀，东庑则僦贷季、岐伯、伯高、鬼臾区、俞跗、少俞、少师、桐君、雷公、马师皇、伊尹、扁鹊、淳于意、张机十四人，西庑则华陀、王叔和、皇甫谧、葛洪、巢元方、孙思邈、韦慈藏、王冰、钱乙、朱肱、李杲、利完素、张元素、朱彦修十四人。岁仲春、秋上甲日，礼部堂上官行礼，太医院堂上官二员分献，用少牢。复建圣济殿于内，祀先医，以太医官主之。二十一年，帝以规制湫隘，命拓其庙。
圣师
圣师之祭，始于世宗。奉皇师伏羲氏、神农氏、轩辕氏、帝师陶唐氏，有虞氏，王师夏禹王、商汤王、周文王武王，九圣南向。左先圣周公，右先师孔子，东西向。每岁春秋开讲前一日，皇帝服皮弁，拜跪，行释奠礼。用羹酒果脯帛祭于文华殿东室。
初，东室有释像，帝以其不经，撤之，乃祀先圣先师。自为祭文，行奉安神位礼。辅臣礼卿及讲官俟行礼讫，入拜。先是洪武初，司业宋濂建议欲如建安熊氏之说，以伏羲为道统之宗，神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文、武，以次列焉。秩祀天子之学，则道统益尊。太祖不从。至是，世宗仿其意行之。十六年，移祀于永明殿后，行礼如初。其后常遣官代祭。隆庆初，仍于文华殿东室行礼。
至圣先师子孔庙祀
汉晋及隋或称先师，或称先圣、宣尼、宣父。唐谥文宣王，宋加至圣号，元复加号大成。明太祖入江淮府，首谒孔子庙。洪武元年二月，诏以太牢祀孔子于国学，仍遣使诣曲阜致祭。临行谕曰：“仲尼之道，广大悠久，与天地并。有天下者莫不虔修祀事。朕为天下主，期大明教化，以行先圣之道。今既释奠成均，仍遣尔修祀事于阙里，尔其敬之。”又定制，每岁仲春、秋上丁，皇帝降香，遣官祀于国学。以丞相初献，翰林学士亚献，国子祭酒终献。先期，皇帝斋戒。献官、陪祀、执事官皆散斋二日，致斋一日。前祀一日，皇帝服皮弁服，御奉天殿降香。至日，献官行礼。三年，诏革诸神封号，惟孔子封爵仍旧。且命曲阜庙庭，岁官给牲币，俾衍圣公供祀事。四年，礼部奏定仪物。改初制笾豆之八为十，笾用竹。其簠簋登鉶及豆初用木者，悉易以瓷。牲易以熟。乐生六十人，舞生四十八人，引舞二人，凡一百一十人。礼部请选京民之秀者充乐舞生，太祖曰：“乐舞乃学者事，况释奠所以崇师，宜择国子生及公卿子弟在学者，豫教肄之。”五年，罢孟子配享。逾年，帝曰：“孟子辨异端，辟邪说，发明孔子之道，配享如故。”七年二月，上丁日食，改用仲丁。
十五年，新建太学成。庙在学东，中大成殿，左右两庑，前大成门，门左右列戟二十四。门外东为牺牲厨，西为祭器库，又前为灵星门。自经始以来，驾数临视。至是落成，遣官致祭。帝既亲诣释奠，又诏天下通祀孔子，并颁释奠仪注。凡府州县学，笾豆以八，器物牲牢，皆杀于国学。三献礼同，十哲两庑一献。其祭，各以正官行之，有布政司则以布政司官，分献则以本学儒职及老成儒士充之。每岁春、秋仲月上丁日行事。初，国学主祭遣祭酒，后遣翰林院官，然祭酒初到官，必遣一祭。十七年，敕每月朔望，祭酒以下行释菜礼，郡县长以下诣学行香。二十六年，颁大成乐于天下。二十八年，以行人司副杨砥言，罢汉扬雄从祀，益以董仲舒。三十年，以国学孔子庙隘，命工部改作，其制皆帝所规画。大成殿门各六楹，灵星门三，东西庑七十六楹，神厨库皆八楹，宰牲所六楹。永乐初，建庙于太学之东。
宣德三年，以万县训导李译言，命礼部考正从祀先贤名位，颁示天下。十年，慈利教谕蒋明请祀元儒吴澄。大学士杨士奇等言当从祀，从之。正统二年，以宋儒胡安国、蔡沈、真德秀从祀。三年，禁天下祀孔子于释、老宫。孔、颜、孟三氏子孙教授裴侃言：“天下文庙惟论传道，以列位次。阙里家庙，宜正父子，以叙彝伦。颜子、曾子、子思，子也，配享殿廷。无繇、子昽、伯鱼，父也，从祀廊庑。非惟名分不正，抑恐神不自安。况叔梁纥元已追封启圣王，创殿于大成殿西崇祀，而颜、孟之父俱封公，惟伯鱼、子昽仍侯，乞追封公爵，偕颜、孟父俱配启圣王殿。”帝命礼部行之，仍议加伯鱼、子昽封号。成化二年，追封董仲舒广川伯，胡安国建宁伯，蔡沈崇安伯，真德秀浦城伯。十二年，从祭酒周洪谟言，增乐舞为八佾，笾豆各十二。弘治八年，追封杨时将乐伯。从祀，位司马光之次。九年，增乐舞为七十二人，如天子之制。十二年，阙里孔庙毁，敕有司重建。十七年，庙成，遣大学士李东阳祭告，并立御制碑文。正德十六年，诏有司改建孔氏家庙之在衢州者，官给钱，董其役。令博士孔承义奉祀。
嘉靖九年，大学士张璁言：“先师祀典，有当更正者。叔梁纥乃孔子之父，颜路、曾昽、孔鲤乃颜、曾、子思之父，三子配享庙庭，纥及诸父从祀两庑，原圣贤之心岂安？请于大成殿后，别立室祀叔梁纥，而以颜路、曾昽、孔鲤配之。”帝以为然。因言：“圣人尊天与尊亲同。今笾豆十二，牲用犊，全用祀天仪，亦非正礼。其谥号、章服悉宜改正。”璁缘帝意，言：“孔子宜称先圣先师，不称王。祀宇宜称庙，不称殿。祀宜用木主，其塑像宜毁。笾豆用十，乐用六佾。配位公侯伯之号宜削，止称先贤先儒。其从祀申党、公伯寮、秦冉等十二人宜罢，林放、蘧瑗等六人宜各祀于其乡，后苍、王通、欧阳修、胡瑗、蔡元定宜从祀。”
帝命礼部会翰林诸臣议。编修徐阶疏陈易号毁像之不可。帝怒，谪阶官，乃御制《正孔子祀典说》，大略谓孔子以鲁僣王为非，宁肯自僣天子之礼？复为《正孔子祀典申记》，俱付史馆。璁因作《正孔子庙祀典或问》奏之。帝以为议论详正，并令礼部集议。于是御史黎贯等言：“圣祖初正祀典，天下岳渎诸神皆去其号，惟先师孔子如故，良有深意。陛下疑孔子之祀上拟祀天之礼。夫子以不可及也，犹天之不可阶而升，虽拟诸天，亦不为过。自唐尊孔子为文宣王，已用天子礼乐。宋真宗尝欲封孔子为帝，或谓周止称王，不当加帝号。而罗从彦之论，则谓加帝号亦可。至周敦颐则以为万世无穷王祀孔子，邵雍则以为仲尼以万世为王。其辨孔子不当称王者，止吴澄一人而已。伏望博考群言，务求至当。”时贯疏中言：“莫尊于天地，亦莫尊于父师。陛下敬天尊亲，不应独疑孔子王号为僣。”帝因大怒，疑贯借此以斥其追尊皇考之非，诋为奸恶，下法司会讯，褫其职。给事中王汝梅等亦极言不宜去王号，帝皆斥为谬论。